流行性感冒潛伏期一般為1～7天，多為2～4天。
臨床表現主要以發熱、頭痛、肌肉關節酸痛起病，體溫可達39～40℃，常有咽喉痛、干咳、鼻塞、流涕等，可有畏寒、寒戰、乏力、食欲減退等全身癥狀，部分患者癥狀輕微或無癥狀。流感病毒感染可導致慢性基礎疾病加重。
兒童的發熱程度通常高于成人，乙型流感患兒惡心、嘔吐、腹瀉等消化道癥狀也較成人多見。新生兒可僅表現為嗜睡、拒奶、呼吸暫停等。
老年人的臨床表現可能不典型，常無發熱或為低熱，咳嗽、咳痰、氣喘和胸痛明顯；也可表現為厭食和精神狀態改變。
無并發癥者病程呈自限性，多于發病3～5天后發熱逐漸消退，全身癥狀好轉，但咳嗽、體力恢復常需較長時間。
肺炎是最常見的并發癥，其他并發癥有神經系統損傷、心臟損傷、肌炎和橫紋肌溶解、休克等。兒童流感并發喉炎、中耳炎、支氣管炎較成人多見。
1.流感病毒可侵犯下呼吸道，引起原發性病毒性肺炎。部分流感患者可合并細菌、其他病毒、非典型病原體、真菌等感染。合并金黃色葡萄球菌、肺炎鏈球菌或侵襲性肺曲霉感染時，病情重，病死率高。
2.神經系統損傷包括腦炎、腦病、脊髓炎、吉蘭-巴雷綜合征（Guillain-Barre Syndrome）等，兒童多于成人，急性壞死性腦病更為兇險。
3.心臟損傷主要有心肌炎、心包炎。可見心肌標志物、心電圖、心臟超聲等異常，嚴重者可出現心力衰竭。此外，感染流感病毒后，心肌梗死、缺血性心臟病相關住院和死亡的風險明顯增加。
4.肌炎和橫紋肌溶解主要表現為肌痛、肌無力、血清肌酸激酶、肌紅蛋白升高，嚴重者可導致急性腎損傷等。
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