西班牙基因組調(diào)控研究中心的科學家們在最新一期《自然·通訊》上發(fā)表了一項創(chuàng)新研究，展示了如何利用蛋白質(zhì)三維形狀，解開生命中古老的“歷史密碼”，揭示了生命之樹中最古老的進化關(guān)系。這項研究首次將蛋白質(zhì)的形狀數(shù)據(jù)與基因序列數(shù)據(jù)結(jié)合，提高了進化樹的準確性。
進化樹對于理解生物間的親緣關(guān)系、病原體傳播路徑、疫苗研發(fā)及新發(fā)疾病治療非常重要。傳統(tǒng)上，科學家通過比較DNA或蛋白質(zhì)的線性序列來構(gòu)建進化樹，但這種方法在處理非常古老的物種時，遇到了“飽和問題”。這是因為隨著時間推移，基因組序列變化很大，以至于原始的遺傳信息幾乎消失。這就如同古老文本因時間久遠而字跡模糊，難以辨認。
為了解決這個問題，團隊開始關(guān)注蛋白質(zhì)的物理結(jié)構(gòu)。因為這些結(jié)構(gòu)比序列更穩(wěn)定，能夠更長時間保留祖先的特征。即使氨基酸序列發(fā)生變化，只要保持了相同的三維折疊模式，蛋白質(zhì)就能繼續(xù)發(fā)揮相同的功能。
此次團隊使用了一種名為“互距離分布”（IMD）的方法，測量了蛋白質(zhì)內(nèi)部氨基酸之間的距離，以此來評估結(jié)構(gòu)的變化程度。他們發(fā)現(xiàn)，基于這種結(jié)構(gòu)信息構(gòu)建的進化樹，可以避免傳統(tǒng)方法遇到的飽和問題，并且能提供更加可靠的進化關(guān)系圖譜。
當把蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和序列信息結(jié)合起來時，就像讓兩位目擊者從不同角度描述同一事件，這樣可以獲得更為完整、準確的結(jié)果。例如，在人類基因組中的激酶家族，它們參與了許多細胞活動，也是癌癥治療的重要靶點，通過這種方法可以更好地理解這些激酶之間的進化關(guān)系。
該技術(shù)的應用潛力十分巨大，不僅有助于人們改進癌癥治療方法，還可以加深對疾病演變的理解，從而促進醫(yī)療進步。
（原標題：蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)+基因序列精準構(gòu)建進化樹 有助疫苗和新發(fā)病療法研究）
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