記者11月12日從華大生命科學研究院獲悉，該院聯合斯坦福大學醫學院、武漢大學電子信息學院等機構科研人員，借鑒多個跨學科領域數學模型，開發出三維時空建模工具包Spateo，可支撐胚胎發育、腦科學、疾病等領域研究。相關研究成果于11日發表在國際學術期刊《細胞》上。
“與其他方法不同，Spateo不會僅將生物系統視為單個細胞，而是會將其視為一個相互連接的整體，這在揭示先天性疾病背后的分子機制方面具有巨大的潛力。”斯坦福大學醫學院教授邱肖杰說。
據悉，Spateo工具包提供多種算法選擇，具備三維重建、區域數字化、細胞間相互作用推斷、形態計量向量場以及用于交互式操作的可視化界面等獨特優勢。
為驗證其性能，研究團隊以小鼠胚胎和果蠅發育的研究為例，探索出三維空間中隨時間變化的器官生態形成機制，并構建起小鼠胚胎發育的“3D分子全息圖”。同時，研究團隊采用多個空間組學數據集對Spateo進行驗證，包括小鼠腦、人類淋巴瘤、猴腦和小鼠胚胎。
結果顯示，Spateo在準確性、計算速度、內存消耗、可重建的切片間距和可處理的細胞數量等方面均優于目前國際主流重建算法。
此外，Spateo的三維重建算法，在拓展到兩個甚至多個完成重建的三維胚胎的配準工作時，能夠自然地捕捉跨時間點的細胞遷移、凋亡和分裂分化事件，在細胞層面解決了胚胎形態發生學的關鍵問題。
華大生命科學研究院博士白寅琪表示，Spateo工具包已開源，兼容目前包括華大時空組學技術Stereo-seq在內所有的空間組學技術。
記者11月12日從華大生命科學研究院獲悉，該院聯合斯坦福大學醫學院、武漢大學電子信息學院等機構科研人員，借鑒多個跨學科領域數學模型，開發出三維時空建模工具包Spateo，可支撐胚胎發育、腦科學、疾病等領域研究。相關研究成果于11日發表在國際學術期刊《細胞》上。
“與其他方法不同，Spateo不會僅將生物系統視為單個細胞，而是會將其視為一個相互連接的整體，這在揭示先天性疾病背后的分子機制方面具有巨大的潛力。”斯坦福大學醫學院教授邱肖杰說。
據悉，Spateo工具包提供多種算法選擇，具備三維重建、區域數字化、細胞間相互作用推斷、形態計量向量場以及用于交互式操作的可視化界面等獨特優勢。
為驗證其性能，研究團隊以小鼠胚胎和果蠅發育的研究為例，探索出三維空間中隨時間變化的器官生態形成機制，并構建起小鼠胚胎發育的“3D分子全息圖”。同時，研究團隊采用多個空間組學數據集對Spateo進行驗證，包括小鼠腦、人類淋巴瘤、猴腦和小鼠胚胎。
結果顯示，Spateo在準確性、計算速度、內存消耗、可重建的切片間距和可處理的細胞數量等方面均優于目前國際主流重建算法。
此外，Spateo的三維重建算法，在拓展到兩個甚至多個完成重建的三維胚胎的配準工作時，能夠自然地捕捉跨時間點的細胞遷移、凋亡和分裂分化事件，在細胞層面解決了胚胎形態發生學的關鍵問題。
華大生命科學研究院博士白寅琪表示，Spateo工具包已開源，兼容目前包括華大時空組學技術Stereo-seq在內所有的空間組學技術。
本文鏈接：科研人員開發出時空建模方法學工具包http://www.lensthegame.com/show-2-9345-0.html
聲明：本網站為非營利性網站，本網頁內容由互聯網博主自發貢獻，不代表本站觀點，本站不承擔任何法律責任。天上不會到餡餅，請大家謹防詐騙！若有侵權等問題請及時與本網聯系，我們將在第一時間刪除處理。
上一篇： 成功牽手 國航意向成為C929寬體客機全球首家用戶
下一篇： 野生蘆葦變廢為寶 烏梁素海重煥生機